В 1562 г. Ливония распалась на шесть независимых друг от друга частей:
1. Эстляндия под властью Швеции.
2. Прежнее дерптское епископство с Нарвской областью и частью Вирляндии под властью Москвы.
3. т.н. Задвинское княжество Лифляндия с прежним архиепископством (архиепископ Вильгельм умер в 1563 г.)
4. Герцогство Курляндия в ленной зависимости от Польши.
5. Остров Эзель с Виком и пильтенским епископством под властью герцога Магнуса, предъявлявшего притязания также на ревельское епископство (не имевшее почти территориальных владений) и именовавшего себя господином (или епископом) Ревельским, Эзель-викским и Курляндским.
6. Город Рига, сохранивший как вольный город Римской империи свою самостоятельность до 1582 г.
В первые годы после присоединения к Швеции Эстляндия не страдала от войны с русскими благодаря перемирию, заключённому в 1561 г. на два года. Но затем притязания, с одной стороны, герцога Магнуса, с другой — поляков, не желавших очистить некоторые пункты, привели к многолетней борьбе. Дания, уступившая некогда свои владения в Эстляндии ордену, всё-таки держалась такого взгляда, что у неё были большие права на Эстляндию, чем у Швеции. Вследствие этого в 1563 г. началась семилетняя северная война между Данией и Швецией, окончившаяся 13 декабря 1570 г. Штетинским миром.
Любек, всё ещё глава ганзейского союза, утратившего, однако, прежнее значение, из торговых интересов был в союзе с Данией. Данциг, бывший с 1466 г. в зависимости от Польши, сначала пытался остаться нейтральным, но затем должен был примкнуть к польской политике. Большое значение получила торговля с Нарвой, находившейся в руках русских, несмотря на то, что Польша и Данциг изо всех сил старались привлечь к себе русскую торговлю с Западом.
В высшей степени важен не только для ближайшего будущего был брак между Иоанном, герцогом Финляндским, братом шведского короля Эриха XIV, и Екатериной, принцессой польской, сестрой короля Сигизмунда II Августа.
На судьбы Лифляндии этот брак повлиял уже потому, что Екатерина получила в приданое шесть лифляндских замков (Каркус и др.), которые, однако, были в руках герцога Магнуса и управлялись по его поручению неким графом фон Артцом (Arcys).
Хотя события этого времени касались, в большей или меньшей мере, всех частей прибалтийского края, мы предпочитаем обозреть судьбы каждой части отдельно и просим извинения за неизбежные повторения. Общее обозрение дало бы слишком пёструю картину.
Во время шведско-датской войны плавание по Балтийскому морю было весьма опасно, и корабли часто подвергались нападениям и захватывались. В 1562 г. шведы взяли Пернов. В 1563 г. шотландские наёмники шведского короля взяли Вейсенштейн, Гапсал и несколько других важных замков и опустошили Вик. Эриху XIV удалось продолжить перемирие с московским царём до 1571 г., так что русские не мешали ему вести войну с поляками и датчанами. Брат его, Иоанн, и супруга его, Екатерина, вызвали своим поведением его подозрение и были заключены в замке Грипсгольм. Граф фон Артц попал в руки герцога Готгарда и был им казнён в Риге.
В то же время, при господствовавшей смуте образовались шайки добровольцев, предлагавших свои услуги за плату всякому желавшему иметь военную силу. Эти добровольцы получили название: «Livlandische Hofleute» (лифляндские дворовые), которое до тех пор носили только дворяне, хотя в числе их были, кроме дворян, также старые орденские служители, слуги и крестьяне. Одним вождём таких добровольцев, получившим прозвище «крестьянский Ганнибал», был Иво Шенкенберг, сын ревельского гражданина (казнён в 1579 г. в Пскове). Во главе другого отряда, сражавшегося против шведов, стоял бывший вейсенштейнский комендант Каспар (Яспар) фон Альтенбоккум. Высшим начальником всех войск, сражавшихся за Польшу, был курляндский герцог. Он между прочим занял Пернов, принудив шведов к отступлению. Но под Ревелем Альтенбоккум потерпел полное поражение от губернатора Генриха Горна. Скоро после этого он был убит в сражении при Лоде на 30-м году жизни.
Заключённый финляндский герцог Иоанн строил козни против своего брата и восторжествовал. Так как Эрих XIV впал в душевную болезнь, то он был низложен, и шведским королем провозглашён брат его Иоанн.
Иоанн III, царствовавший с 1568 г. до 1592 г., заключил мир с Данией, хотя ещё в июле 1569 г. датско-любекский флот бомбардировал Ревель, но отношения его к другим соседям остались враждебны. Так и герцог Магнус действовал против него. Сторонником Магнуса был Клаус Курсель, составивший в Ревеле заговор против шведов и принудивший губернатора Гавриила Оксенширну к уступкам. Однако благодаря измене шведам скоро удалось уничтожить эти уступки. Курсель был казнён.
Между тем два ливонца, находившиеся в московском плену, Элерт Крузе, бывший фогт дерптского епископа, и Иоганн Таубе, дерптский дворянин, решили провести свои честолюбивые планы, направленные для виду к спасению Ливонии, на самом деле — к пользе московского
царя, которому они потом всё-таки изменили. Не находя сочуствия ни у ливонского дворянства, ни у герцога Готгарда, ни у Ревеля, они обратились к герцогу Магнусу. Этот последний находился в стеснённом положении. Брат его, датский король, и другие естественные союзники не поддерживали его. поэтому он стал искать других друзей. В 1563 г. он провёл даже несколько месяцев в Швеции с целью устроить примирение. Вместе с тем он искал руки одной из сестёр Эриха XIV, хотя носил духовный сан. В то же время он заискивал у герцога Иоанна и супруги его, Екатерины. С коадъютором Христофором он был тоже в сношениях, причём он поддерживал бессмысленные мечтания Христофора.
Крузе и Таубе приобрели влияние на Магнуса через придворного проповедника и советника Христиана Шрапфера. В 1570 г. Магнус приехал в Москву и был царём принят милостиво, причём царь изъявил согласие выдать за него свою племянницу. Магнус должен был сыграть
ту роль, которую предлагали перед тем Фюрнстенбергу и Кетлеру и которую оба отклонили, первый, считая подобное дело недостойным, второй — не видя в нём для себя достаточной выгоды. Магнус же был в достаточной степени бесхарактерен, чтобы, не имея других средств
и путей к достижению своих целей, согласиться на московские предложения. Обязавшись поставлять войско и платить небольшую дань, он был объявлен королем Ливонии под верховной властью царя, причём под Ливонией подразумевалась тоже Эстляндия, которую хотели завоевать.
Магнус избрал местом своего пребывания Оберпален. Нашлись и приверженцы. Однако его попытки взять Ревель и Вейсенштейн кончились неудачно. К этим военным неудачам присоединялась крайняя экономическая нужда, так как вполне истощённая страна не давала более доходов. Ввиду этого король Магнус опять отправился в Москву, в сопровождении отряда наёмников, составленного Георгом Фаренсбахом преимущественно из ливонцев для московского царя.
В конце 1572 г. царь лично вступил со значительным войском в Эстляндию.
1-го января 1573 г. русские взяли Вейсенштейн, потом Каркус. Оставив войско в Эстляндии, царь уехал в Новгород, где 12 апреля 1573 г. состоялось с большой торжественностью бракосочетание короля Магнуса с царской племянницей Марией Владимировной. (Сначала хотели выдать за Магнуса сестру Марии, но она умерла).
Со своим братом, датским королём, Магнус совершенно поссорился. В Ливонии он не достиг дальнейших успехов и владел только Оберпаленом и Каркусом. В результате похода, предпринятого им в 1575 г. на Ревель, ничего не получилось, кроме опустошения окрестностей Ревеля. Но и шведы владели, строго говоря, лишь городом Ревелем. Все другие пункты были в руках их неприятелей. Пернов пал в июле 1575 г., Гапсал — в феврале 1576 г., Падис — несколько дней спустя (20 февраля).
23 января 1577 г. опять чрезвычайно сильное русское войско подступило к Ревелю и осадило город, который был в большом затруднении, так как шведы не держали в нём ни достаточного войска, ни достаточного запаса военных припасов. Но граждане и «чёрные головы» поддерживали гарнизон так мужественно и успешно, делали столь удачные вылазки и причиняли осаждавшим столь чувствительный урон, что последние русские отряды уже 13 марта отступили. О поведении короля Магнуса в этот критический год и о его измене царю, открытой в 1578 г., мы скажем ниже.
Под влиянием успехов Стефана Батория и шведы стали действовать более решительно. В октябре 1580 г. выступил на военную сцену Понтус Делагарди, который до тех пор служил дипломатическим агентом при католических дворах. Взяв Кексгольм и не имея возможности по причине дурной погоды и дурных дорог идти на Нотебург, он из Выборга провёл своё войско и тяжёлые орудия по льду Финского залива прямо в Везенберг и затем взял Копорье, Ямбург, Ивангород, Гапсал, Лоде, Леаль, Фикель, Вейсенштейн, Тольсбург. В октябре 1581 г. он донёс королю из Нарвы, что все берега Финского залива очищены от неприятеля. Вследствие взятия Нарвы главный морской торговый путь из Западной Европы в Россию перешёл в руки шведов.
5 августа 1583 г. Швеция и Москва заключили на реке Плюсе перемирие на три года, которое 6 января 1586 г. было продолжено на четыре года. И только теперь Эстляндия, в которой города и селения были разорены, поля много лет не обрабатывались, население отчасти погибло, отчасти томилось в плену, отчасти одичало, могла вздохнуть свободно, и только теперь шведы могли утвердить там своё господство. Они начали с того, что разделили страну на четыре провинции, получившие старые названия — Гаррия, Вирляндия, Иервен, Вик.
В 1590 г. возобновилась война между Москвой и Швецией, но 18 мая 1595 г. был заключён вечный мир в Тявзине (близ Ивангорода). Швеция выдала Ингрию, зато Москва признала её владетельницей Эстонии. Когда шведский король Иоанн III умер в 1592 г., то его сын Сигизмунд III, избранный в. 1587 г. польским королём, вступил на шведский престол (царствовал в Швеции до 1604 г.).
При избрании своём в Польше, он дал обещание присоединить Эстонию к Польше, а при вступлении на шведский престол он уверял шведские чины, что он никогда не допустит отделения Эстонии от Швеции. Но король, будучи от рождения католиком, всё более подчинялся влиянию польско-католических советников. В 1593-94 гг. он провел несколько месяцев в Швеции, совершил торжественное коронование и по этому случаю утвердил привилегии Эстонии. Затем он навсегда уехал в Польшу, которая ему более нравилась. Вследствие того шведские чины провозгласили дядю его, герцога зедерманландского Карла, управлявшего Швецией уже в последние годы Иоанна III, правителем в 1595 г., и скоро стало известно, что Карл стремился к престолу. Сигизмунд III пытался удержать Швецию, но его нападение было отражено, переговоры не привели ни к чему. Летом же 1600 г. Карл высадился с войском в Эстонии и занял её от своего имени. Хотя авторитет Сигизмунда и здесь уже сильно пострадал, Эстония медленно и лишь постепенно перешла к Карлу, который, тем не менее, старался переманить к себе также Ливонию.
В 1604 г. Карл провозгласил себя королём, но Сигизмунд III и даже его преемники продолжали называть себя шведскими королями.