Жизнь людей на территории современной Эстонии стала возможна после отступления ледника во время последнего ледникового периода около 12 тысяч лет назад. Согласно археологическим данным, древнейшим из известных поселений здесь явилась стоянка древних людей на берегу реки Пярну у деревни Пулли, что находится вблизи города Синди. Стоянка датируется началом IX тысячелетия до нашей эры. Более поздние поселения общин охотников и рыбаков, датируемые серединой VII тысячелетия до нашей эры, были обнаружены в окрестностях города Кунда, в северной Эстонии. Костяные и каменные предметы, схожие с найденными под Кунда находят и в других местах Эстонии, а также в Латвии, северной Литве и южной Финляндии. Так называемая кундская культура существовала вплоть до эпохи мезолита (V тысячелетия до нашей эры).
С V по III тысячелетие до н. э. территория Эстонии была заселена народами культуры ямочно-гребенчатой керамики, жившими также на территории современных Финляндии, Швеции и на восток до Урала.
В эпоху неолита (IV—II тысячелетие до н. э.) прежнюю культуру сменяет культура шнуровой керамики, распространённая также вЦентральной и Восточной Европе и Скандинавии. Представители культуры шнуровой керамики, предположительно, некоторое время сосуществовали с прежними обитателями.
В I тысячелетии до н. э. население территории нынешней Эстонии переходит к оседлому образу жизни и строит первые укреплённые поселения (городище Иру близ Таллина). С середины I тысячелетия до н. э. развиваются связи с соседями, возникают сухопутные и морские пути, на перекрёстке которых в дальнейшем возникали поселения.
Название Эстония может происходить от слова «Aestii», которое впервые упоминается римским историком Тацитом в 98 году н. э. в трактате «О происхождении германцев и местоположении Германии». Так, по его словам, германцы называли народы, жившие на северо-восток от реки Висла.