4 февраля 1563 г. умер в Риге последний рижский архиепископ Вильгельм. Король польский Сигизмунд II Август поручил герцогу Готгарду, бывшему с 1562 г. в то же время королевским наместником в Ливонии, учредить для архиепископских владений особое управление.
Попытка коадъютора Христофора Мекленбургского стать во главе архиепископства не удалась. Он ещё при жизни, но без ведома Вильгельма, вступил в сношения со Швецией, а также с герцогом Магнусом, и теперь рассчитывал на помощь своего брата герцога Иоганна Альбрехта и тестя его Альбрехта, герцога прусского. Но король польский оказался и умнее, и сильнее его. Христофор выставил своё войско, но после некоторых бесцельных движений остановился в Далене, и здесь наместник Готгард взял его в плен в августе 1563 г. Несмотря на ходатайства его родственников, он просидел в польском плену (сперва в Вильне, потом в Раве) шесть лет и получил свободу только в 1569 г. после того, как он отказался от всех прав и притязаний. После этого он после этого вступил в брак и умер в 1592 г. в Темпцине в качестве управляющего ратцебургским епископством.
На ландтаге в Кокенгузене в 1566 г. герцог Готгард, который был заподозрен у короля, должен был передать свои полномочия Яну Ходкевичу, как новому ливонскому наместнику. Ходкевич секуляризовал рижский соборный капитул и хлопотал о полном слиянии Ливонии, названной герцогством, с Литвой. Хотя результатом этих хлопот должно было быть превращение Ливонии в простую провинцию Литвы, а вместе с тем нарушение данных привилегий, он достиг своей цели. Ливония тогда же была разделена на четыре округа: Рижский (в который г. Рига пока не вошел), Венденский, Трейденский, Динабургский.
На люблинском сейме в 1569 г. Ливония была поставлена в тесную связь с Польшей. Здесь же Польша и Литва слились в одну Речь Посполитую, ибо, хотя они со времени Ягелло большей частью находились под управлением одного государя, они считались за два государства. Так, например, договор в Позволе был заключён не Польшей, а только Литвой.
Не мешает указать на то, что Западная Пруссия, присоединённая к Польше по второму Торнскому договору 1466 г., только в силу постановлений люблинского сейма была юридически включена в состав польского государства и лишилась особенностей в политическом устройстве. Последствия этих мер скоро обнаружились: несмотря на данные и повторенные обещания, правительственные должности поручались всё чаще полякам или литовцам. Рига, не подчинившаяся Польше в 1561 г., продолжала отстаивать свою самостоятельность.
Впрочем, Польша должна была свои приобретения в Ливонии защищать против Москвы. В начале 1563 г. царь Иван IV вступил с сильным войском в Литву и взял Полоцк, а другое войско опустошило местность около Вендена и Вольмара. Целый год тянулась мелкая война. В начале 1564 г. литовцы нанесли русским решительное поражение при р. Уле или при Орше. Вследствие этого московский военачальник, князь Андрей Михайлович Курбский бежал в конце апреля из Дерпта в Польшу, спасаясь от царского гнева.
Подозрительность царя постепенно принимала болезненный характер. Когда в 1565 г. поляки вытеснели шведов из Пернова, царь, желая предупредить нападение на Дерпт велел отвести почти всё немецкое население Дерпта вовнутрь московского царства. Царскому приказу должны были все повиноваться: старые и молодые, мужчины и женщины, больные и здоровые, даже умирающие, но многим вскоре было позволено возвратиться.
От войны страдали более всего открытые селения. Перемирие, заключённое в 1570 г., продолжалось не долго. После возобновления военных действий стал во главе польских войск Александр Полубенский, но он вёл войну вяло и нерешительно. Крузе и Таубе, не имевшие успеха в Эстляндии, теперь, опасаясь царского гнева и желания приобрести милость поляков, стали орудовать в Ливонии. 21 октября 1571 г. они пытались передать Дерпт полякам, но это дело не удалось и повлекло за собой только новые страдания для жителей, к нему вовсе не причастных. Тем не менее, Крузе и Таубе были приняты с почетом при польском дворе.
Смерть короля Сигизмунда II Августа, последовавшая в 1572 г., не положила предела войне. Избранный после него Генрих, принц Анжуйский, брат французского короля Карла IX, не получил значения, так как он вскоре вернулся во Францию; старания Иоанна Грозного занять польский престол не увенчались успехом. Зато, когда в декабре 1575 г. был избран трансильванский воевода Стефан Баторий (коронован 1 мая 1576 г.), то война возгорелась с новой силой, и Ливония, предоставленная самой себе, вновь опустошалась русскими и татарскими ополчениями.
Стефан Баторий осаждал Данциг, не хотевший ему присягнуть, и делал вид, что не желает заботиться о Ливонии. Вследствие того король Магнус вмешался в дела южной Ливонии. Кокенгузен, Венден, Вольмар и другие замки сдались ему. В июле 1577 г. царь Иоанн IV лично с большим войском вступил в Ливонию. Курляндскому герцогу он дал знать, что в этот раз пощадит его «Божью страну» (Gоttеslапdсhеп, с тех пор это название Курляндии вошло в употребление). Зато он взял Динабург, Крейцбург, Зессвеген, Берзон, Эрлу, Кокенгузен и велел в последнем замке перебить весь гарнизон, чтобы напугать других. После того царь подступил к Вендену. Магнус тщетно старался оказать влияние на него.
С тех пор, как Магнус сделал попытку овладеть хитростью всей Ливонией, царь ему не доверял и держал его почти как пленника. Предвидя неизбежный приступ и невозможность спастись, часть венденского гарнизона, в том числе духовные, женщины, дети решили покончить с собой. Все собрались в одном помещении возле дворцовой церкви, и, когда неприятель к ним приближался, один из них, Генрих Бойсман из Ревеля, зажёг бочки с порохом (31 августа). Виновник взрыва был переброшен в неприятельский лагерь и там посажен на кол. К Магнусу царь отнёсся благожелательно, и казалось, что он его простил: «пёстрый епископ» — так называли русские Магнуса из-за его склонности к пёстрой одежде — мог ещё пригодиться. Вольмар имел ту же участь, что и Кокенгузен и Трикатен.
Когда Стефан Баторий взял Данциг, то он показал, что он отнюдь не думал Ливонию оставить в руках Ивана Грозного. 21 октября 1578 г. польско-шведское войско нанесло русскому, значительно большему войску при Вендене тяжёлое поражение. Царь вступил в переговоры со Стефаном и изъявил готовность на уступки, причём он только от Ливонии ни под каким видом не хотел отказаться, а король тем временем от сейма получил средства для продолжения войны. Он перенёс театр войны из несчастной, совершенно истощенной Ливонии в Псковскую область — главную базу русских для отступления.
Очистив от неприятеля Литву, Баторий взял в августе 1579 г. обратно Полоцк и затем другие мелкие крепости и дошёл до цепи укреплений, которые Иван IV построил на московской границе. Осенью 1579 г. Баторий должен был выпрашивать у своего сейма новые средства, царь отправил посольства в Вену и Рим; как и раньше, он был готов к уступкам, но от Ливонии, от выхода к морю, он не хотел отказаться.
В 1580 г. поляки одержали новые победы. Баторий взял в конце августа Великие Луки, затем Торопец, Холм и другие крепости. Поляки заходили в Смоленскую и Стародубскую области, везде оставляя внушительные гарнизоны; зиму 1580-81 гг. главное польское войско провело в Литве. Теперь Иван IV соглашался уступить часть Ливонии, но Баторий хотел получить её всю. Так как сейм уже неохотно давал средства, то король обратился к займам. В то время Рига начала вести переговоры о своём подчинении польской короне и приняла участие в войне, выставив войска и припасы и уступая королю две трети своих таможенных сборов.
Летом 1581 г. приехал из Рима избранный папой посредник, опытный дипломат иезуит Антонио Поссевино. Тем не менее, Баторий предпринял третий поход. Он взял Остров и осадил Псков, но здесь счастье ему изменило. Все приступы были отбиты, и точно так же поляки осаждали без успеха крепкий Печорский монастырь. Наёмники, не получавшие жалования, подняли ропот. Зима наступала, поляки готовились перезимовать под Псковом.
Город не был взят; но, несмотря на эту неудачу поляков, вскоре было заключено перемирие, а потом и выгодный для них мир. В этом следует видеть заслугу Поссевино, который вёл переговоры с большим искусством и терпением. Мир был заключён 15 января 1582 г. в Запольском Яме. Иван Грозный должен был отказаться от всей Ливонии, частью которой он владел с 1558 г. Эстония была признана шведским владением.
Только теперь поляки действительно вступили во владение Ливонией, разорённой и истощённой почти двадцатипятилетней войной. Так как дерптское епископство не участвовало в договоре 1561 г., то король в нём поступал по своему усмотрению. Канцлер Ян Замойский передал дерптскую церковь св. Марии иезуитам и поручил управление польским чиновникам. Город до того опустел, что надобно было вызвать переселенцев. Магнус должен был окончательно расстаться со своими мечтами. Уже в начале 1578 г. он уехал из Ливонии в Пильтен.
Осенью того же года состоялось при посредничестве герцога Готгарда в Бауске подчинение Пильтена польской короне. Хотя Магнус при этом и не отказался формально от других владений, от Эзеля (который перешёл к Дании), от Вика, от Ливонии, но фактически всё это было потеряно навсегда и безвозвратно.
В это время и Рига признала верховную власть польского короля над собой, а Баторий обещал оставить её привилегии неприкосновенными. 12-го марта 1582 г. он имел торжественный въезд в Ригу.
Вслед затем началась католическая реакция. Ещё иезуит Поссевино собирал сведения о церковных делах в Ливонии. От старой церкви сохранились только ничтожные следы, так, например, в одном рижском монастыре уцелело несколько престарелых монахинь. Большинство населения перешло к реформации, которая нашла последователей и в самой Польше и особенно в Литве. Дальнейшему распространению её теперь положен был предел, и в Ливонии была сделана попытка восстановить католицизм, но в том виде, который придал ему тридентский собор. Баторий учредил в Вендене, в самом центре Ливонии, новое епископство и снабдил его многими недвижимостями. Появились иезуиты, и целый ряд церквей в городах должен был быть уступлен для католического богослужения. Такие меры были приняты и в Феллине и Пернове (здесь работал иезуит Квадрантин), и в то же время и в сёлах строились новые церкви или отнимались старые для католиков. Среди простого народа многие переходили в католичество. В Риге католики получили церковь св. Марии Магдалины и церковь св. Иакова.
По новому закону (Constitutiones Livoniae), произвольно изданному 4 декабря 1582 г., Ливония разделена была на три президенства: Венден, Дерпт, Пернов — и получила новое управление. В королевские замки и имения были назначены польские управляющие.
Нельзя сказать, что Баторий был покровителем крестьян. Меры его в отношении к этому сословию не имели целью облегчение его, а лишь вытекали из политических или церковных соображений. В королевских доменах ничего не было сделано для улучшения положения крестьян. Зависимость деревенского населения ещё в последние десятилетия самостоятельности Ливонии вследствие рецепции римского права приняла более тяжёлый характер. А в последовавшие затем смутные годы, когда в Ливонии и за неё воевали чужие державы, положение крестьян ещё более ухудшилось. Сами помещики обеднели и с трудом удерживали земли в своих руках, о нововведениях они не могли и думать.
Состоятельные иногда в течение нескольких лет не могли заниматься своим хозяйством и жили как бы в изгнании, так, например, Генрих фон Тизенгаузен в Митаве. Множество женщин и детей было уведено в плен, и некоторые пережили весьма замечательные приключения. Кому из них привелось увидеть своё имение, тот видел лишь картины страшного разорения. И как помещики, так страдали и крестьяне. На больших пространствах надолго прекратились всякие полевые работы, и на некогда плодородных полях вырос молодой лес и кустарник. Ещё в начале XVII столетия путешественники в восточной части Ливонии по целым дням не находили человеческого жилья и должны были ночевать под открытым небом. Говорили, что между Дерптом, Ригой и Перновом «не слышно ни собаки, ни петуха».
В рабочих силах ощущался самый крайний недостаток: местами всё население было поголовно истреблено. И всё-таки из этих развалин выросла новая жизнь. Население доказало, что оно унаследовало стойкость и энергию первых колонистов и исполнило тяжёлый труд насаждения культуры во второй раз. И под покровительством и по примеру немцев принялось за работу и туземное крестьянское население и увидело новый порядок, но впоследствии и новый упадок.
Когда король приказал ввести в Ливонии грегорианский календарь, то в Дерпте, Пернове и особенно в Риге произошли крупные беспорядки (календарные беспорядки), потому что население не сочувствовало реакции. Рижский городской совет согласился праздновать Рождество 1584 г. по новому стилю, но население ему воспротивилось и обвинило его, что он не заботится о действительных интересах города. При этом ставили ему в вину и передачу церкви св. Иакова католикам.
Мартин Гизе, юрист по профессии и настоящий демагог, поддерживал недовольство и вызвал достаточно сильное волнение, чтобы оказать желаемое давление на совете, который высказался теперь против введения нового календаря. Но Гизе и его единомышленники пошли дальше. Они воспользовались сложившимся настроением и потребовали, чтобы управление городской казной было поставлено под контроль обеих гильдий. Это требование вызвало очень ожесточённый спор, решение которого было предоставлено королю. Король отклонил требование недовольных. Тогда Гизе обвинил двух членов совета, Тастиуса и Веллинга, в том, что они главные виновники передачи церкви св. Иакова иезуитам, и достиг того, что было назначено расследование этого дела.
На пытке оба обвиняемые дали желаемые показания, и, несмотря на мужественную и справедливую защиту их со стороны бургмистра Ниэнштедта и городского секретаря Давида Гильхена, суд произнёс под давлением черни опрометчиво смертный приговор, и Тастиус был казнён 27 июня, а Веллинг — 1 июля 1586 г. После этого король изгнал Гизе, который бежал в Швецию, стянул к Риге войска и построил на Двине, напротив Риги, укрепление.
2/12 декабря 1586 г. умер Стефан Баторий, и престол наследовал Сигизмунд III Ваза (1587-1632). Когда чиновники потребовали присяги от рижан, эти, по совету возвратившегося из Швеции Гизе, заявили, что они присягнут только в том случае, если король утвердит привилегии города и возвратит церковь св. Иакова протестантам. Опять произошли беспорядки, прекратившиеся только после того, как Гизе и его ближайший товарищ Ганс Бринкен польским судом были приговорены к смерти и этот приговор был приведён в исполнение 2 августа 1589 г.
26 августа был заключен т.н. Северинский договор (26 августа — день св. Северина). Совет сохранил прежние права и власть, но гражданам предоставлено некоторое влияние на замещение городских должностей, и в управлении городской казной должны были впредь участвовать два представителя от гильдий и два от граждан. В том же 1589 году порядок управления, введённый в 1582 г., вновь был пересмотрен.