Архиепископы удалились из Лифляндии, чтобы не присутствовать при борьбе города Риги с орденом. Они поселились при курии в Авиньоне. Управление архиепископством перешло к соборному капитулу, на который вместе с тем была возложена задача поддерживать, следуя указаниям архиепископа, все его права. Вследствие этого между ним и орденом загорелся спор о верховной власти над городом Ригой или, следовательно, о действительности договора 1330 г. Кроме того, капитул требовал, чтобы орден приносил архиепископу ленную присягу, к чему он в теории был обязан, но которую он фактически считал излишней.
Находясь в Авиньоне, архиепископ удобнее всего мог подавать жалобы на ненавистного противника. Епископ Дерптский настаивал тоже на том, чтобы орден признавал свою ленную от него зависимость. И епископ Эзельский поддерживал естественно притязания своих товарищей.
Архиепископ Фридрих умер в 1341 г., его преемник Энгельберт фон Долен, бывший дерптский епископ, тоже уехал в Авиньон и ходатайствовал о своих правах перед курией. Следовавший за ним владыка Фромгольд фон Фифгузен (с 1348 г.), родом из Любека и бывший член рижского соборного капитула, в 1350 г. даже приехал в Лифляндию, но затем в раздражении тоже удалился. По его просьбе в 1354 г. орден за непослушание был отлучен от церкви и на его владения наложен вердикт. При этом опять всплыли старые, отчасти никогда не доказанные обвинения против ордена.
О древней истории дерптского и эзельского капитулов мы имеем мало сведений. В это время эзельский капитул является «светским», т.е. составленным из каноников не монашествовавших. Дерптский капитул первоначально состоял из монашествовавших августинцев, но около 1360 г. состав его был такой же, как и эзельского. Когда он был преобразован в этом смысле, мы не знаем.
Члены одного капитула переходили в другой; случалось даже, что член эзельского или дерптского капитула делался членом ревельского и получал оттуда доходы. Случалось также, что мнения в одном капитуле расходились и что часть членов становилась на сторону ордена. Курия не признавала избирательного права капитулов в случае освобождения епископской кафедры и назначала епископов по своему усмотрению и тем усиливала существовавшее возбуждение.
Временного примирения удалось достигнуть на съезде представителей от ордена из Пруссии и Лифляндии, от архиепископа и некоторых епископов, происходившем в мае 1366 г. в Данциге. Посредником являлся великий магистр Винрих фон Книпроде. Орден сделал более и менее важные уступки, между прочим, он освободил город Ригу от присяги на верность ему, т.е. ордену, и был за то объявлен совершенно независимым от духовной власти; архиепископ никогда более не должен был требовать от него присяги. Этот договор не был утвержден курией и потому не мог вступить в силу.
Примирение было недолговечно: архиепископ Зигфрид (1370-1374) был убежденный противник ордена, также как и его преемник, Иоанн фон Зинтен, бывший приор рижского капитула. Большим успехом в их глазах было то, что папа Григорий ХI по их просьбе издал 10 октября 1373 г. так называемую «буллу о платье» (bullа habitus). Члены рижского капитула, как принадлежавшие к ордену премонстрантов, носили до сих пор белое платье, какое носили и орденские рыцари; теперь они стали носить черное платье августинцев, чтобы и в наружном своем виде выразить полную свою от ордена независимость. Вместе с тем было преобразовано устройство рижского капитула: монастырское общежитие каноников отменено и отдельным каноникам отведены доходы от церковных имений.
В то же время происходило брожение и в других епископствах. Эзельский епископ Генрих, восьмидесятилетний старец, поссорился со своим капитулом. В конце концов каноник Больне заключил его в тюрьму и задушил там в Аренсбурге в 1381 г. Враждебные партии продолжали борьбу. В 1383 г. Дитрих Икскюль забрался в темную ночь с отрядом нанятых слуг в замок Гапсал, перебил всех жителей — духовных и светских, — ограбил церковь и арсенал и в заключение зажёг замок со всеми пристройками и жилищами каноников.
Не сразу нашелся охотник занять освободившуюся кафедру. Авиньонский папа Клемент VII предложил ее Генриху фон Гессен (или Лангенштейн), вице-канцлеру Парижского университета, но он не желал уехать в варварскую страну, где были частые туманы, нравы грубы и пища проста (не так-то думали Мейнгард и его первые преемники за 200 лет до этого!); от другого, назначенного даже эзельским епископом, мы знаем только имя. Лишь в лице Винриха фон Книпроде, племянника великого магистра с тем же именем, приглашённого в 1383 г. и утверждённого в 1385 г., удалось найти епископа, нравившегося ордену и получившего утверждение от римского папы Урбана VI, на сторону которого стал после некоторого колебания орден.
Даже в курляндском (пильтенском) епископстве, которое один позднейший писатель называет «спокойнейшим», в котором орден имел менее всего ограниченную свободу, происходили в это смутное время насилия. Здесь принадлежала рижскому капитулу принесённая ему в дар приморская полоса Донданген и Таргельн. Курляндский епископ Оттон, член Тевтонского ордена, и, наверно, с его согласия, стал притеснять священников, собиравших десятину для рижского капитула. Курия поручила расследовать это дело комиссии, заседавшей в Любеке; епископ был отлучен от церкви (1384 г.) .
И в дерптском епископстве происходили по случаю перемены на кафедре бурные события. Капитул избрал в епископы Дитриха Дамерова, бывшего секретаря императора Карла IV, который был утвержден папой Урбаном VI, а орден поддерживал Альберта Гехта, бывшего пропста, опиравшегося на авиньонского папу Клемента VII. Орден, правда, скоро изменил свою политику и перешёл на сторону римского папы. Но не легко было ему отделаться от бывшего своего друга. Гехт скоро овладел епископскими замками и в Нейгаузене вступил в переговоры с русскими. Только в 1380 г., получив от ордена крупные суммы и обещание, что орден ничего не предпримет против него, Гехт выдал замки и уехал из Лифляндии. Конечно, он поехал в Авиньон, где стал гоняться за доходными местами. Епископскую кафедру занял Дитрих, который, хотя и был обязан своим возвышением ордену, был его убеждённым врагом. Орден не мог препятствовать тому, что епископы сообща действовали против него, и дерптский епископ вмешался в его дело с архиепископом.
Против архиепископа Иоанна фон Зинтена орден принял более действительные меры. Он сумел найти приверженцев среди его вассалов. В числе их были многие находившиеся из-за имущественных вопросов в натянутых отношениях к архиепископу или каноникам.
Орден поддерживал этих вассалов; обременённых долгами, он ссужал крупными суммами, за что они закладывали у него свои имения, а других (например, Питкевер), которых за нарушение ленного права церковь хотела лишить их имений, он спасал от этой опасности. Когда в 1388 г. рыцарь Герман Икскюль заложил у ордена свой замок и обширные земельные владения, архиепископ подал в курию жалобу на орден. Орден был отлучён от церкви, но вследствие того нисколько не отказался от своих действий против архиепископа. Он имел в руках доказательства совершённой этим последним измены и вызвал владыку на суд собрания представителей от всех сословий. До открытия этого собрания, весной 1391 г. Иоанн фон Зинтен с частью каноников удалился за границу и искал помощи не только у курии, но и у короля Венцеля.
Орден же завладел архиепископскими замками и сумел через своего представителя при курии подействовать на папу Бонифация IX, нуждавшегося в деньгах и возмущённого сношениями бежавшего архиепископа с германским королем. В ряде булл от осени 1393 г. до весны 1394 г. папа отменил все осудительные приговоры против ордена, назначил Иоанна фон Зинтена александрийским патриархом (т.е. лишил его всякого влияния), а Иоанна фон Валленродта (племянника великого магистра Конрада фон Валленродта) рижским архиепископом и разрешил ему вступить в Тевтонский орден. Папа даже издал такое распоряжение, чтобы никто в рижском архиепископстве не мог получить духовной должности, не сделавшись предварительно членом ордена, и чтобы капитул, как только большинство его каноников будет состоять из членов ордена, назывался капитулом не августианского, а Тевтонского ордена. Проведение этих распоряжений в жизнь привело бы к инкорпорации. Орден сделал, по-видимому, большой шаг вперёд на пути к единодержавию, к которому он стремился.
Но новый архиепископ не всеми был признан. Часть архиепископских вассалов, и во главе их восьмидесятилетний рыцарь Варфоломей фон Тизенгаузен, не хотели присягнуть и бежали к дерптскому епископу, тоже не желавшему присягнуть Иоанну фон Валленродту. Завязав сношения с бежавшими за границу рижскими канониками, он выставил в согласии с ними малолетнего принца Поммернштеттинского Оттона избранником архиепископства и заключил союзы со всем родом Оттона и с великим князем литовским Витовтом. Вместе с тем он приступил к обширным вооружениям и привлёк к себе многих, опасавшихся успехов ордена.
Орден со своей стороны не медлил. В июле 1396 г. он начал войну с дерптским епископом и вёл её беспощадно до февраля 1397 г. Так как литовцы на помощь не явились, то орден мог бы нанести своему противнику самое полное поражение, но он, не окончив борьбы, вступил в переговоры и сам себя лишил всех уже достигнутых выгод. Как в 1366 г., так и теперь хотели съехаться в Данциге и там восстановить мир. После долгих совещаний договор был заключён 15 июля 1397 г.; многие вопросы были не разрешены: вопрос о возмещении понесённых с обеих сторон, как орденом, так и епископом, убытков остался открытым.
На орден было возложено освободить вассалов епископств: рижского, дерптского, эзельского, курляндского — от безусловной воинской повинности, которую они должны были отбывать в походах по недавнему распоряжению папы. Таким образом, орден не только ничего не выиграл, но формально и в действительности понес существенный ущерб. Еще 12 июля последовало примирение архиепископа с бежавшими вассалами. В тот же день дворянство Гаррии и Вирляндии, тоже имевшее своих представителей в Данциге, получило от великого магистра Конрада фон Юнгингена важную привилегию, т.н. гнаде (милость); по этой привилегии наследственное право в ленных владениях распространено не только на оба пола, но и на все боковые линии до пятого колена, вследствие чего возможность возвращения ленных владений к верховному сеньору из-за недостатка в наследниках почти была устранена. И эта привилегия означает умаление прав ордена.
Однако и епископу Дитриху Дамерову это унижение ордена не принесло пользы. Он поссорился со своими же подданными и должен был летом 1400 г. уступить свою кафедру местному уроженцу, бывшему рыцарю и канонику, Генриху Врангелю. Дамерову, наделавшему много долгов, назначено было жалованье; он жил в Риге еще в 1408 г.
Бежавшие, т.н. старые рижские каноники (в том числе пропет Иоанн фон 3ост) не вернулись в свою церковь. Они выдали взятые с собою драгоценности и грамоты, орден же обязался выплачивать им жалованье. Первоначально определенный размер жалованья каноники признали неудовлетворительным, вследствие чего договор, уже заключенный, по-видимому, никогда не применялся. Некоторые из этих каноников встречаются в Любеке двадцать лет спустя. В Риге же был составлен новый капитул из членов Тевтонского ордена и в полной от него зависимости.
Архиепископ Иоанн Валленродт тоже не остался в Лифляндии; зависимость от орденских начальников сделалась для него невыносимой. Он уехал в 1403 г. из Риги и поступил на дипломатическую службу к королю Рупрехту. В 1405 г. он «отдал в наём» (это именно выражение употребляется) архиепископство ордену на двенадцать лет и после того туда приехал только один раз (в 1416 г.) и то на весьма короткое время.
Эти ожесточенные споры создали странное и едва ли нормальное положение. В духовных делах отсутствовавшего архиепископа замещал декан капитула, в светских — лифляндский магистр. В качестве таких заместителей встречаются в грамотах Конрад фон Фитинггоф (Vietingof) и Зигфрид Ландер фон Шпангейм (Spanheim).