Епископ Альберт не получил сана архиепископа. После его смерти архиепископ Бременский, считая себя митрополитом Ливонии, назначил епископом Рижским (т. е. Лифляндским) Альберта Зюрбера (Suerbeer), каноника (схоластика) бременской церкви, родом из Кёльна. В то же время рижский соборный капитул избрал в епископы магдебургского каноника Николая. Папа Григорий IX поручил кардиналу-дьякону Оттону, посланному в качестве легата в Германию и Данию, решить этот спор. Оттон лично не поехал в Ливонию, а отправил туда в качестве вице-легата Балдуина, монаха из монастыря Альна (близ Тюена во Фландрии).
Балдуин приехал в Ливонию осенью 1230 г. Он поступил там не так, как легат Вильгельм Моденский, а преследовал односторонние интересы курии и свои личные и не обращался внимания на законные требования ливонцев.
В декабре 1230 г. явились в Ригу послы от куров, чтобы заключить договор для решения вопроса, кто должен крестить куров, желавших принять христианство, и кто должен присылать к ним священников. Христианство тогда только насаждалось среди куров; предание о церкви, которую якобы датчане построили ещё до 1030 г. в Курляндии, может быть, относится к другой стране; во всяком случае, эта церковь существовала недолго. Балдуин заявил, что он один имеет право заключать договор и действительно заключил договор с курами, хотя те с рижским духовенством уже пришли к соглашению.
Между тем, кардинал Оттон, на основании данных, полученных от Балдуина, постановил, что епископом Лифляндским должен считаться Николай, а не Альберт Зюрбер. Николай тотчас же начал сопротивляться требованиям Балдуина, и лифляндское духовенство решительно поддержало его. Все мероприятия Николая были направлены против Балдуина и без нужды возбуждали его негодование; несомненно, Николай в этих действиях шёл слишком далеко. Епископ предоставил жителям Риги третью часть Семигалии и Эзеля и шестую часть Курляндии, а рижский городской совет (12 консулов) дал наделы 70 mercatores, т. е. городским жителям, или гражданам (mercator от mercatus — рынок, город), в Курляндии и Семигалии и сверх того ещё 56 другим в Курляндии. В Иервене, который вместе с областью Вирляндией по особому приговору получил Балдуин, орден дал наделы 200 готландским, т. е. не рижским, mercatores.
В крайнем негодовании Балдуин покинул Ливонию; в январе 1232г. он явился в Рим и пожаловался папе, который принял его сторону. Он издал несколько булл, в которых он одобрял и оправдывал образ действий Балдуина и назначилего семигальским епископом, несмотря на то, что епископ Ламберт, назначенный епископом Альбертом I, тогда ещё находился в живых (но, может быть, удалился из своего епископства). Кроме того, Балдуин был назначен легатом для Готланда, Финляндии, Эстляндии, Курляндии, Семигалии и получил право на пожизненное пользование доходами от Курляндии. Также папа Григорий IX отменил важные постановления, изданные епископом Альбертом I, легатом Вильгельмом, папой Иннокентием III и им самим.
Получив большие полномочия, Балдуин отправился обратно, но не торопясь; он провёл конец 1232 г. в Германии (в Кёльне и Добберане) и был ещё в апреле 1233 г. в Кведлинбурге. Эти остановки в разных местах Германии указывают на то, что Балдуин желал собрать достаточные силы, чтобы удержаться в своём епископстве.
В начале лета он приехал в Лифляндию. Сначала лифляндцы его несколько боялись, зная о его обширных полномочиях, но скоро прежняя вражда обнаружилась с полной силой. Тогда Балдуин пытался уступками приобрести расположение местных властей, но без успеха. Особенно враждебно относился к нему орден, утвердившийся во время отсутствия Балдуина в северных областях, ему предоставленных, и не желавший отказаться от них.
Балдуин, лишившийся между тем сана легата, вновь обратился к папе, но практических результатов не достиг и затем исчез из лифляндской истории. Вильгельм Моденский, опять назначенный легатом, сумел изобразить перед папой лифляндские дела в правильном освещении. Ещё осенью 1234 г. он назначил доминиканского монаха Генриха епископом Эзельским и, вероятно, в то же время Энгельберта — епископом Курляндским. С действительным миролюбием, всегда стараясь примирить враждующих, он отнёсся и к лифляндским спорам и постановил свой приговор в сентябре 1235 г.
Епископ Николай остался главой лифляндской церкви и управлять ею удачно, хотя он не имел выдающихся способностей и, в частности, организационного таланта Альберта I. Он увеличил владения соборного капитула многими пожертвованиями. В его время монахи доминиканского и францисканского орденов, которые были основаны незадолго перед тем, приехали в Ригу и построили свои монастыри: первый во имя св. Иоанна, а второй во имя св. Екатерины. По уставу эти монахи должны были жить в городах. Таким образом они постоянно оставались в связи с народом и приобретали значительное влияние на него; этому способствовало ещё то, что их церкви никогда не запирались. Женский монастырь цистерцианского ордена во имя св. Марии Магдалины, недалеко от церкви св. Иакова учреждён был лишь при преемнике епископа Николая.
Орден меченосцев со времени своего основания принимал участие во всех военных предприятиях. Он часто решительно сопротивлялся политике епископа Альберта, но и в самом ордене возникали разногласия, вследствие чего некоторые рыцари отделялись от него. Так, в 1228 г. рыцарь Бруно отделился вместе с 15 другими рыцарями и получил от Конрада, герцога Мазовецкого, Добринскую область. Они сделали своим отличительным знаком красную звезду вместо меча. Часть этих рыцарей присоединилась в 1235 г. к Тевтонскому ордену, другая часть или переселилась в другие страны, или погибла во время нашествия Батыя (ок. 1240 г.). Также во время споров с легатом Балдуином орден распадался на партии, и одна такая партия заключила даже магистра Фольквина однажды в тюрьму, обвиняя его в тайных сношениях с епископами.
Несмотря на часто обнаруживавшуюся самоуверенность, орден, по-видимому, никогда не имел особенно много членов. Магистр Фольквин поэтому искал помощь, желая осуществить главный свой план, т. е. достигнуть решительного перевеса над лифляндской церковью. В этих видах он вступил в переговоры с Тевтонским орденом, переведённым в главной своей части в 20-х годах в Пруссию, но встретил с разных сторон сопротивление.
Тевтонский орден, как и ордены иоаннитов и тамплиеров, возник в Палестине, но позднее других. Он образовался из общества, которое немецкие пилигримы из Нижней Саксонии основали в 1190 г. во время третьего крестового похода в лагере под Акконом(Акко в современном Израиле) с целью создать организацию для ухода за больными. Это общество было утверждено папой Климентом 1/16 февраля 1191 г. и стояло под надзором магистра иоаннитов. В духовно-рыцарский орден общество преобразовано лишь по постановлению съезда немецких князей в Акконе от 5 марта 1198 г., получившему санкцию папы 19 февраля 1199 г. Тогда назначен был особый магистр Вальпот. Полное название ордена впоследствии было такое: «Орден рыцарей немецкого госпиталя св. Марии в Иерусалиме». Кроме трёх монашеских обетов требовался от членов обет борьбы с неверными. Отличительным знаком был чёрный крест на белом плаще. Устав был заимствован у тамплиеров. В мае 1291 г. сарацины взяли Аккон. Части Тевтонского ордена ещё раньше перенесли свою деятельность в Евроnу. Венгерский король Андрей II (1211 -1224) призвал орден для защиты немецких колонистов в Трансильвании от куманов, но скоро, отняв обратно землю, подаренную ему, побудил его удалиться.
Затем Конрад, герцог Мазовецкий, пригласил орден помочь ему в борьбе с языческими nруссами, и притом на столь выгодных условиях, что орден мог завоёвывать земли nруссов для себя.
В 1236 г. особенно большое число пилигримов приехало в Лифляндию; под впечатлением этого подкрепления магистр Фольквин согласился предпринять осенний поход с участием вспомогательных отрядов из Пскова, хотя условия были неблагоприятны. Немцы проникли глубоко в Литву, опустошая страну. Только на обратном пути, при Сауле (Сауле — латышское название Альтрадена близ Бауска; возможно, что битва 1236 г. происходила здесь; но, возможно также, что Сауле = Шавли), они подверглись внезапному нападению литовцев и вероломно соединившихся с ними семгаллов. Большинство простых воинов совершенно смутилось и погибло, почти не оказав сопротивления. Рыцари сражались храбро; когда их кони были убиты, они продолжали сражаться пешими, но их было слишком мало. И магистр Фольквин, и пятьдесят рыцарей пали под ударами литовцев. После этой победы вся Семигалия восстала, и куры присоединились к ней. Эзельцы тоже взялись за оружие и воевали четыре года против немцев.
Рыцарь-меченосец Герлах Красный был отправлен прямо к папе с просьбой дать согласие на соединение остатков ордена меченосцев с Тевтонским орденом и тем открыть возможность спасти находившуюся в большой опасности страну. Епископы Рижский, Дерптский и Эзельский под страшным впечатлением от поражения при Сауле и его последствий поддерживали эту просьбу.
Но исполнить её было нелегко. Тевтонский орден лишь недавно явился в Пруссию и должен был заботиться о прочности своего положения в этой стране; с другой стороны, беспорядки и отсутствие строгой дисциплины у меченосцев вызывали серьёзные опасения. Несмотря на это, заслуженный великий магистр Герман фон Зальца (1210 — 1239) наконец согласился на слияние двух орденов. 13 мая 1237 г. в Битербо подписана булла,в которой папа оповещал о совершившемся слиянии.
Остатки меченосцев приняли устав и одежду тевтонцев (о «меченосцах» этих пор нельзя говорить). 60 рыцарей Тевтонского ордена переправлены были в Лифляндию, и управление поручено особому магистру (Landmeister) Герману Балке, занимавшему раньше подобную должность в Пруссии. Зависимость, по крайней мере — на словах, лифляндской ветви Тевтонского ордена от местных епископов должна была быть признана (обстоятельство, сначала мешавшее слиянию). И Ревель с областями Гаррией и Вирляндией должен был на основании существовавших трактатов отойти к Дании. Это условие вызывало разнообразные затруднения. Лифляндцы сначала отказывались выдать датчанам северную Эстляндию, в которой они много сделали, и Вильгельм Моденский принял их сторону. Но когда лифляндцы услышали, что король Вальдемар собирает флот и намерен в случае надобности прибегнуть к силе, они уступили. Число врагов и без того было велико. 7 июня 1238 г. в Стенби на Зеландии (Дания) был заключён договор, и Вильгельм Моденский (скоро после этого назначенный кардиналом и епископом Сабинским) и магистр Герман сами поехали в Ревель и совершили уступочный акт.
Приблизительно до 1345 г. датский начальник, живший в Ревеле, управлял страной. В церковном отношении северная Эстляндия оставалась в зависимости от лундского архиепископа, который и прислал нового Ревельского епископа Торкила. Область Иервен осталась в руках ордена, но с условием, чтобы он не строил новых замков без согласия датского начальника.
Таким образом, Тевтонский орден сделался наследником «братьев воинства Христова». Он преследовал те же интересы и также стремился к независимости от епископской власти. Но он хотел достигнуть ещё большего; он намеревался подчинить весь край своей верховной власти.
Альберт Зюрбер, который в 1231 г. должен был уступить рижское епископство Николаю, тем не менее не отказывался от надежды в этих северных странах занять когда-нибудь руководящее положение. Папа в это время назначил его архиепископом Прусским и Лифляндским и, вместе с тем, легатом для всех восточных стран. Но он не имел постоянного места жительства; только намеревался поселиться в Любеке. Ещё при жизни Николая ему дано было обещание, что он будет управлять лифляндской церковью, притом в качестве архиепископа, так что лифляндские и прусские епископы будут его подчинёнными. После смерти Николая, в 1253 г., он приехал в Ригу и был утверждён в сане архиепископа папой в январе 1255 г. Он однажды (в 1268 г. или 1269 Г.) имел опасное столкновение с орденом и находился некоторое время у него в плену.
Первогo епископа Курляндского, Энгельберта, куры убили около 1240 г. О его преемнике мы не имеем достоверных известий. Только в 1251 Г., когда семигальское епископство было упразднено, бывший семигальский епископ Генрих Люцельбургский был назначен курляндским епископом. При этом орден настоял на том, что он получит две трети, а епископ (так же, как в Пруссии) — одну треть земли: в чисто духовных делах, к которым относились освящение церквей, колоколов, церковной утвари, суд над духовными, епископу подчинена была, конечно, вся Курляндия. Около 1242 г. орден построил в Курляндии замок Гольдинген (называвшийся иногда Иезусборгом). В 1252 г. орден и епископ вместе приступили к постройке замка Мемельбург, который был разделён на тех же основаниях, в то время уже принятых в руководство. В Лифляндии и Семигалии раздел земли производился по другому принципу; здесь епископ или архиепископ получил две трети, а орден — одну.
Впрочем, архиепископ в Семигалии уступил половину своих владений своему капитулу, получившему также в Лифляндии большое количество земли в дар.
При разделе Курляндии граница проведена была чисто номинально — большая часть — южная область Цеклис — ещё не была завоёвана; но немцы, по-видимому, надеялись её завоевать. Однако эта область, в которой значительное пространство было обещано епископу вследствие битвы при Дурбене, сделавшей распространение владений ордена в южном направлении невозможным, скоро после того навсегда отошла к литовцам.
Сверх того ордену удалось провести в Курляндии инкорпорацию, т. е. такое правило, что епископ и его советники должны были быть членами ордена, чего не удалось ему сделать ни в каком другом епископстве (в Риге это правило было введено, но только в то время, когда оно уже не имело значения). Епископ Эмунд (с 1263 г.) был членом ордена; он, впрочем, скоро удалился из своего епископства и жил на Рейне или в западной Германии, исполняя по поручению других епископов разные требования. В 1290 г. он возвратился в Курляндию. Тогда капитул курляндской церкви был вновь составлен, так как капитул, существовавший уже в начале пятидесятых годов, вероятно, из-за недостатка в средствах, был упразднён. Тогда и инкорпорация была окончательно проведена. Шесть каноников, составлявшие капитул, были, и должны были впредь, быть членами Тевтонского ордена. В других епископствах капитулы состояли из двенадцати каноников, из которых один был пропетом, а другой — деканом.
Члены ордена смотрели враждебно на духовенство, которое не признавало их настоящими духовными лицами, называя их saeculares, т.е. светскими.